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很多养禽者希望防止疫苗反应，同为疫苗反应对鸡的存活率和生产性能均有不利的影响。过度的疫苗反应可以引起增重缓慢、饲料消耗及死亡率增加、治疗成本昂贵，而且可能有更高的淘汰率。然而，疫苗反应是呼吸道活苗接种后发生的正常现象，是机体免疫系统产生应答的特征。灭活苗接种也可在接种的部位产生局部反应。
避免有害的反应
然而，有害的疫苗反应并不能达到免疫的目的，应该尽量避免。有几种因素能影响疫苗反应的严重程度。这些因素包括鸡的质量、母源抗体水平、疫苗毒(菌)株和所接种的剂量、免疫途径、接种时间、免疫抑制、鸡舍通风和间隔时间、饮水、垫料和空气的质量。
肉子鸡正常的呼吸道疫苗反应通常在接种后4天开始，并维持5天左右。因为1日龄免疫后所产生的抗体的缓冲作用，在田间加强免疫后疫苗反应通常较轻。然而，在冬季的几个月中，当鸡舍密闭保温时，空气交换减少，空气质量下降，疫苗反应较重。
鸡舍中灰尘和氨气的积累，导致呼吸道疫苗反应更加严重，而且在两次免疫之间不会完全消失。呼吸道疫苗反应通常以流泪、呼吸道罗音和头部颤抖为特征。
滚动反应
疫苗的滚动反应是与常规相比持续时间或强度增加的反应。如果被免疫的鸡状态很差，（如脱水、脐部愈合不良、或接触大量曲霉菌孢子等），接种呼吸道疫苗可以激发滚动反应。在孵化后最初几小时吸入的细菌或霉菌，或卵黄中存在的细菌和真菌能使免疫复杂化，并引起气囊炎，这些鸡将对呼吸道疫苗反应几天，甚至有时持续整个发育阶段，死亡率将比平时显著升高。
母源抗体
如果鸡的母源抗体(MAT)水平降低，有少量母源抗体的缓冲作用，鸡对疫苗的应答将会很好，母源抗体很低的鸡疫苗反应更剧烈，但如果饲养管理好，则不一定发生“滚动”反应。然而，如果鸡群的母源抗体水平不均，那些母源抗体水平高的鸡在1日龄免疫时就不能产生足够的免疫应答，在母源抗体水平下降时，他们对不断排出的疫苗毒株敏感性升高。当致弱的活毒疫苗经过易感鸡时，可能变得比原来更具侵袭性。种母鸡的良好免疫对其后代保持均一的母源抗体是至关重要的。
如果鸡已经发生了疫苗反应，在疫苗反应的高峰再接种另一种呼吸道病毒疫苗，可加重疫苗反应。然而在疾病威胁严重时还必须这样做。同样，如果鸡群健康状况不良或正处于发病状态，这样就削弱了其清除疫苗反应的能力。当免疫时，鸡正处于免疫抑制状态，疫苗反应比正常更严重。由于免疫系统遭受损伤，它们没有能力从呼吸道中消除疫苗病毒。
引起免疫抑制的原因有传染性法氏囊病、球虫病、波氏杆菌病、霉菌毒素中毒和鸡贫血因子感染。应激反应也是引起免疫抑制的原因，在应激反应过程中，动物很难抵抗病原体的侵害。
其他因素
疫苗的选择、操作、接种和免疫时间对疫苗反应至关重要。如果疫苗的操作不当（如将疫苗暴露于阳光直射)，可以显著地影响疫苗滴度，这将使鸡群中大量的鸡不能获得最小感染剂量，导致疫苗病毒从接种鸡向未接种鸡传播的可能。因此，按制造商的建议接种疫苗是绝对必要的。疫苗的过度稀释是常见的现象，由于部分鸡怎样及何时接种、接种方法对疫苗反应的程度有极大的影响。极细的雾滴可以使得疫苗病毒被吸入呼吸道深部，引起严重的反应。喷雾或饮水免疫时，如果疫苗不能彻底覆盖鸡舍内的所有鸡，导致疫苗病毒在鸡与鸡之间传播，产生长期的疫苗反应。
同样，在滴眼免疫时也应该注意，如果所用疫苗毒株对特定日龄和品种的鸡毒力太强，疫苗反应可能更严重。如果育成期的鸡接种相对较晚，其产生的疫苗反应要比免疫较小日龄的鸡严重得多。这是由于随日龄增长，母源抗体逐渐降低，这些鸡缺乏母源抗体的缓冲作用。同样，呼吸道病毒疫苗联合应用，如结合喉气管炎免疫的肉鸡免疫程序可以加重呼吸道疫苗反应。如果鸡舍的氨气浓度过高、尘土过量或者鸡群正受到热应激原的刺激，疫苗反应会更加严重。
注射的疫苗
有害的疫苗反应并不仅限于病毒疫苗经饮水、滴眼或喷雾接种，注射的疫苗同样可以引起严重的组织反应，影响生产性能，疫苗注射包括翼膜刺的疫苗反应，表明鸡的免疫系统对抗原的应答。然而这种反应的度和部位可以导致不适和组织损伤。
马立克氏病疫苗是一种活苗，于1日龄在颈部背侧皮下注射。不正确的接种能造成鸡的死亡、中枢神经系统的损伤和扭脖。因为同一注射针头要接种很多鸡，因此，在操作过程中，针头、疫苗或稀释液有可能被污染，导致鸡的感染。杀性巴氏杆菌、禽痘和脑脊髓炎病毒疫苗通常采用翼膜接种。
正常的疫苗反应通常见于接种后10天内。疫苗或接种器具的污染可以造成过度反应和组织损伤。如果缺乏疫苗反应，则表明鸡群在免疫前已具有免疫力，或者接种操作不正确。皮肤接种时，很容易丢失疫苗。这些无效刺种是由于接种器的沟槽填充不正确，或由于接种完成前接种器的疫苗被羽毛扫掉。正确的接种方法应是将疫苗轻轻拉开，拔掉羽毛或将翼膜边缘的羽毛拨开，避开肌肉组织，将装满疫苗的针头刺种到无毛区域。
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