目前，沼气行业发展仍依靠国家政策支持和政府投资，投资方式主要是根据项目进行补贴。即先申报项目，项目通过审批后，国家为项目拨款。这种投资方式的优点是，根据国家预算确定每年建设多少沼气项目。但是也存在一些问题，例如申报项目是否真实存在，项目建成之后工程质量如何，使用情况怎样，有无售后服务都无从探究。若了解申报项目的真实情况，又需要投入新的成本和精力。
其他国家采取的方式则是后补助方式，即补效益和产品，这种方式值得借鉴。但是必须具备三个前提条件。第一，必须有明确和稳定的政策，新产品研发出来后，能拿到什么样的补贴，要有明确的标准，而且这个政策必须具有法律效应；第二，要有足够的资金保障，这需要对沼气产业的产能有准确判断；第三，这种补贴政策可以有效吸引投资者，使社会资本认为“有利可图”。以我国为例，为鼓励生物质能发电，国家在当地脱硫标杆电价的基础上，每千瓦？时电补贴0.25元，在这种情况下，投资者首先要考虑可以建设多大的工程，该项工程可以生产多少电能，可以获得国家多少补贴，最后还要考虑谁将购买这部分电能。这些方面都考虑清楚后，如果觉得合算，投资者则进行投资，政府有法律规定和资金保证，投资者就比较愿意进行投资建设，而且工程建成以后，投资者会想方设法地让工程持续运行下去，并从中获利。这是一种比较合理有效的方式，这也是项目真正发挥效益比较好的做法。
根据我国农村沼气建设的特殊情况，短时间内采用后补助方式存在一定的实施难度，目前主要还是采取补贴项目的方式。原因有以下几个方面，首先，政府必须有政策和资金方面的保障，另外投资者和用户也必须具有一定的物质和资金条件。其次，市场还不太成熟、终端用户受制约。尤其是农村户用沼气大多面向中等以下生活水平的农村百姓，甚至贫困人口，富裕人口更愿意选择方便的能源。另外，这种模式需要办理一系列认证、报销等手续，因此更没有多少人愿意投资建设沼气池。最后，风险控制能力不足，如果采用这种效益后补助方式，大批企业都来建设沼气项目，在国家没有足够的资金保障时，投资沼气建设而及时获得产品补助则存在相当大的风险。
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